南医大二附院心血管中心是华东地区唯一一家融合了心内科、心外科、心超室、心电图室、体外循环、麻醉、重症监护及心脏康复等专业为一体的心脏大血管中心。挂牌南京医科大学人工心脏研究所，国家心血管病中心先心病一体化联盟省级合作中心，其中心血管内科是江苏省临床重点专科，心血管外科2022年成为“十四五”江苏省医学重点学科建设单位。

心血管外科以大血管疾病为特色、先天性心脏病“心佑工程”为品牌,各类心脏大血管疾病内、外科治疗手段结合，心脏手术年开展超过1000例。患者涵盖0-90岁的先天性心脏病、大血管疾病、瓣膜疾病、冠脉疾病等心血管系统所有大类。拥有百级手术室4间，DSA复合手术间1间，监护室病床27张，病房150张。中心组织发起的国内著名先天性心脏病救助计划——“心佑工程”，自创办以来，行程百多万公里，筛查超15万人，救助近2000余名贫困先天性心脏病儿童。“心佑工程”团队2020年入选2020年教育部“第三届省属高校精准扶贫精准脱贫典型项目、2021年获“江苏省学雷锋活动示范点”、2022年获“江苏青年五四奖章”、心外党支部荣获“江苏省高校先进基层党组织”“江苏省慈善奖”2023年度荣获“全国学雷锋活动示范点”、江苏“时代楷模”称号。