南京医科大学第二附属医院泌尿外科是江苏省“十四五”医学重点学科、省级临床重点专科，南京医科大学博士学位授予点和博士后流动站，现为中华医学会泌尿外科学分会常委、江苏省医学会泌尿外科学分会主委、省医学会器官移植分会主委、省社会办医疗机构协会泌尿外科学专业委员会主委单位。2023年度科技量值（STEM）泌尿外科学专业排名省内前四，全国58位。学科共有医技护研共70余人，教授3名，副教授6名，主任医师7名，副主任医师9名，其中博士研究生导师4名，硕士研究生导师8名，国务院政府特殊津贴专家、有突出贡献中青年专家、“万人计划”青年拔尖人才等国家级、省级人才20余人次。现已形成以“泌尿系疾病单孔微创技术、肾脏移植、盆底尿控疑难疾病诊疗”三大特色的综合强科，诊疗范围覆盖泌尿生殖系肿瘤、肾移植、泌尿系结石、男科疾病、前列腺疾病、肾上腺及尿路修复重建等亚专科。现已成为集医疗、教学、科研于一体，专科规模、设备、技术水平领先的现代化学科。