南京医科大学第二附属医院骨科是南京市重点专科。本科室专科人员结构合理，三级梯队已形成。目前骨科分脊柱、关节、创伤、手足外科4个专业方向，其中脊柱外科以退变、感染、肿瘤和微创4个小组，可开展各种复杂脊柱手术；关节外科又按膝关节、髋关节和以修复重建为主的运动医学3个小组，同时在常规手术的基础上引进关节置换机器人技术；创伤外科已形成以微创、3D打印、MDT为主导的规范化、创新性治疗团队，可开展各类复杂创伤手术；手足外科除常规开展断指再植、皮瓣再植、血管神经修复等技术以外逐步向功能外科的方向发展。目前骨科按照专业划分科室重视医教研全面发展，是南京医科大学硕士学位授予点，承担国家自然基金及省市各级科研课题多项。