南京医科大学第二附属医院全科医学科成立于2006年7月，2007年4月被评审批准为首批卫生部全科医师培养基地，2008年被认定为“江苏省第一批全科医师规范化培训基地”。2014年正式设立全科医疗病房，目前开放床位24张。开设全科医学门诊（专科、专家、专病）和全科病房提供综合性、协调性的诊疗，慢性病管理和健康教育。患者病种分为三类：⑴未分化疾病，即暂时没有专科归属的全身性疾患；⑵心身疾病，表现为没有明确疾病诊断的各种躯体不适感；⑶多种疾病并存的患者，如高血压、糖尿病、高脂血症、高尿酸血症“四高”患者，以及肌少症、骨质疏松慢性病患者。牵头承担江苏省基层医疗专业质控工作，提高江苏省基层医疗机构医疗质量。

承担全科医学教学和培训任务,落实临床医学五年制本科生《全科医学概论》授课和全科（助理全科）住院医师规范化培训学员以及全科转岗学员的培训，其中《全科医学概论》入选江苏省首批省级一流本科课程。2013年起成为全省第一批招收全科医学专业学位研究生的硕士点，2023年起成为全省第一批招收全科医学专业学位研究生的博士点。依托南京医科大学，实行“全科医生规范化培训”与“全科医学研究生培养”双向接轨，全科医学规范化培训学员经三年规范化培训后可直接申请全科医学专业硕士研究生学位。