南京医科大学第二附属医院内分泌科，是集临床、科研、教学为一体的综合性机构，是江苏省卫健委临床重点专科，也是南京医科大学内分泌专业硕士点及博士点，是国家药物临床试验机构内分泌专业组。

病床39张，年出院人数超过2千人，年门诊量达8万人次。现有主任医师4人，副主任医师6人，其中教授2人，博士生导师1人，硕士生导师4人。承担国家级课题5项、省市级课题20余项，发表学术论文200余篇。

内分泌科成立了“糖尿病胃肠神经病变诊治中心”，该中心由糖尿病科、微生态医学科、消化科、营养科、中医科、精神心理科等科室专家和糖尿病咨询护士组成的糖尿病胃肠神经病变防治组，建立了糖尿病胃肠神经病变早期筛查、诊断和治疗的流程及分科收治的规范，在国内外率先以菌群移植新技术结合营养支持、神经心理和中医等多学科治疗手段，救治难治性糖尿病胃轻瘫，顽固性腹泻和便秘及糖尿病痛性神经病变患者，获得很好的临床效果。开设了肾病联合门诊，建立了门诊糖尿病肾病早期筛查、诊断和治疗的流程，为预防糖尿病肾病的发生和尿毒症的出现提供全面周到的指导。建立代谢病管理中心，致力于糖尿病、肥胖、高尿酸血症、高脂血症、脂肪肝等代谢疾病的综合管理。我们注重多学科合作，涵盖甲状腺疾病、下丘脑和垂体疾病、肾上腺疾病等多个领域，致力于为患者提供一站式服务。科室参与了200多项药物临床试验/器械试验，项目数和质量在全国内分泌专业中名列前茅。