南京医科大学第二附属医院儿童医学中心是一所集内科，外科，眼科，耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤科及儿童保健科为一体的综合性诊疗中心，设有肾脏、新生儿、内分泌、消化、呼吸、血液、重症医学、心脏、神经、风湿免疫、感染、儿童保健、儿外等13个亚专科，其中新生儿早产救护和手足口病的防治指导覆盖了安徽和苏北地区，肾脏专科、内分泌专科、风湿免疫科、消化专科、呼吸专科等都拥有省内知名的专家和医护团队。是南京医科大学第二临床医学院儿科学教学基地，儿科学硕士、博士授予点，拥有雄厚的临床、科研、教学实力。