南京医科大学第二附属医院妇科现为江苏省省级临床重点专科，江苏省妇幼健康重点科室，国家卫健委四级妇科内镜手术培训基地，江苏省腔镜培训基地，国家药物临床试验基地，国家住院医师规范化培训基地，南京医科大学博士及硕士授予点，江苏大学研究生培训基地，东南大学研究生及留学生培训基地；是医院重点打造的优势学科；目前床位共有55张床，诊疗范围覆盖妇科恶性肿瘤，盆腔器官脱垂，子宫内膜异位症，以及妇科子宫卵巢良性肿瘤，宫颈疾病，以及宫腔粘连，生殖道畸形，月经病，宫颈机能不全等；学科近年来形成以妇科疾病微创技术为特色，其中经脐单孔腹腔镜，经阴道单孔腹腔镜，单孔机器人等多项手术技术达到国内国际先进水平，科室渐渐发展为集医疗、教学、科研于一体的现代化科室。