南京医科大学第二附属医院普外科现为江苏省省级临床重点专科及“十二五”、“十三五”江苏省重点学科。经历70年的发展，普外科现已成为集临床、教学、科研为一体的国内一流的现代化学科。目前拥有六个病区覆盖三院区（姜家园、萨家湾、迈皋桥），开放床位150张，并同质化管理。现有医护人员80余名，其中正高职称12人，副高职称17人（其中教授4人，副教授7人），博士生导师4人，硕士生导师9人。

科室在肝胆胰脾外科、胃肠外科、甲状腺外科等亚专科特色鲜明，在省内外享有较高声誉。国际上首创肠-腔-房人工血管“Y”式架桥术治疗混合型BCS。长期深耕微创技术，现正大力开展高清腹腔镜、机器人、肝胆胰脾、减重代谢疾病、乳腺甲状腺微创手术等新技术，造福患者。

科室以培养具有扎实理论功底、娴熟外科操作技能和全球化学术视野的杰出外科人才为目标，并获得“敬佑生命·荣耀医者”青年创新奖。2018年成为江苏省首批基层医疗普外科孵化中心，此后多次举办培训班并接收省内基层单位骨干人员进修，2020年被省卫健委评为三等奖，是省内唯一获此荣誉的普外科室，为江苏基层医疗服务作出了重要贡献。

科室近年来承担国家级、省部级项目等课题15余项，研究成果获江苏省科技进步一等奖、教育部科学技术进步二等奖等7项省部级奖项，并在《Journal of Hepatology》、《Small》、《Chemical Engineering Journal》、《Biomaterials》、《Gastroenterology》等专业顶级期刊发表高质量科技论文80余篇，获国家专利20余项。科室高度重视人才队伍建设，先后获江苏省第一批卫生拔尖人才1人，江苏省优秀科技工作者1人，江苏省医学重点人才2人，青年医学人才3人，江苏省六大高峰人才7人，江苏省“333高层次人才”4人及中青年领军人才1人，现有多人在国家级及省级学术团体任职。