南京医科大学第二附属医院口腔科是综合性临床科室，是省内三级甲等医院中较有影响的口腔专科之一。口腔科分为姜家园院区、萨家湾院区、迈皋桥院区，目前拥有51台牙科综合治疗椅，是南京地区综合医院规模较大的口腔科，科室现有医师31名，其中高级职称医师1名，副高级职称医师7名；医师中具有博士学位3人，硕士学位14人。近年来，口腔科顺利完成升级改造，引进新技术、新疗法并实行了新的管理运行机制，促进了医疗服务质量的不断提高，同时，口腔科设有儿牙专科医生为小朋友保驾护航。